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Au-delà de l'aspect visuel, ruTorrent est surtout apprécié pour ses plugins. Dans ton contexte précis, c'est AutoTools qui est pratique vu qu'il permet de créer des harlinks des contenus téléchargés, selon leur tag (donc leur dossier).
Ce qui permet de tout trier. Sujet souvent abordé sur mon blog.
Ça doit être faisable pour Transmission soit avec un script soit avec Filebot.
Tu peux aussi te mettre comme tu le dis 2 clients Tr, un pour les films et un pour les séries. Ça doit pas consommer beaucoup plus et vu que tu ne sembles pas vouloir automatiser le DL ça ira très bien.