Si le report fonctionne, pour supprimer automatiquement les fichiers restants :
rtorrent-cleaner rm -y localhost:5001
Ca va supprimer les fichiers qui sont dans ton répertoire de torrents, et qui ne sont pas monitorés par rtorrent. Je ne suis pas sur que ça corresponde à ce que tu disais au début, mais ça nettoie quand même. A partir du moment où tu fais des hardlinks, je ne vois pas de solution facile pour supprimer tous les fichiers liés.