Comment tu as lancé rtorrent-cleaner ? Pour ma part j'ai
rtorrent-cleaner report localhost:5000
(sous réserve que le scgi tourne bien sur le port 5000)
Le message d'erreur que tu indiques correspond bien à un lancement sur le mauvais port (mais sur un port qui répond quand même...)
Tu peux trouver le bon port dans ton fichier .rtorrent.rc, à la ligne suivante :
# SCGI port, used to communicate with Flood
scgi_port = 127.0.0.1:5000
[edit : c'est nouveau la coloration syntaxique dans les blocs ? C'est illisible en mode sombre...]