Mon proc est un E3-1245 V2 @ 3.40GHz, ca tourne bien. Clairement rclone devient gourmand lorsqu il déplace les données locales vers le drive car il chiffre à la volée et inversement. Globalement ne prévois pas trop juste concernant ta seedbox. Par ailleurs si tu peux avoir un SSD c est encore mieux ca diminue considérablement les temps de latences avec plex au moment du lancement des medias.
Bien sur que tu peux transférer tes medias en chiffré sur le drive. Par contre conserve bien ton rclone.conf, notamment les mots de passe, si tu veux pouvoir refaire l install sur un autre serveur et dechiffrer tes données.
Regarde les liens plus haut concernant le blog d'@Aerya, tu as tout ce qu il faut pour ce que tu souhaites faire