Tu lances le rclone via un script ?
Si oui, tu peux faire un truc du style :
#!/bin/bash
monlock=/monrepertoire/monlock
if [ -f $fmonlock ]; then
# transfert déjà en cours, on ne fait rien
else
# transfert pas en cours
# on crée le fichier lock
touch $monlock
# commandes rclone...
rm -f $monlock
fi
Comme ça, quand le cron va se lancer, il ne va pas lancer de clone si le précédent n'est pas fini.
Attention, si ta machine ou ton transfert plante, il faut enlever le fichier à la main sinon les transferts ne se feront pas (ça peut s'automatiser facilement au boot de la machine)