On est bien d'accord que le nom de domaine certifié par startssl est monnomdedomaine.com et que dans ton fichier conf c'est bien indiqué comme ça:
ssl on;
ssl_certificate /etc/nginx/keys/monnomdedomaine.com.crt-unified;
ssl_certificate_key /etc/nginx/keys/monnomdedomaine.com.key;
Je ne suis pas certain d'avoir bien interprété ta dernière phrase.
Moi, par exemple, j'ai certifié zarev.ovh et mon conf est de ce type:
ssl on;
ssl_certificate /etc/nginx/keys/zarev.ovh.crt-unified;
ssl_certificate_key /etc/nginx/keys/zarev.ovh.key;
Voilà ce que j'ai quand je vais sur ton site: