Fais bien une copie de ton fichier au cas ou. Il vaut mieux toujours prendre ses précautions mais je vois un truc pas net, à mon idée.
Pour cette partie je pense que c'est bien correcte.
ssl on;
ssl_certificate /etc/nginx/keys/monDomaine.com.crt-unified;
ssl_certificate_key /etc/nginx/keys/monDomaine.com.key;
Par contre pour celle-ci je me demande ce que ça fait là.
ssl_certificate /etc/nginx/ssl/server.crt;
ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/server.key;
Tu avais, j'imagine, fait un certificat auto-signé avant de te diriger vers un certifié pour pas que tes visiteurs prennent peur de l'avertissement?
J'essayerais de supprimer ces lignes et de reload Nginx par un:
service nginx restart