C'est pas les mêmes usages.
Cakebox te propose simplement un listing de tes fichiers avec un lecteurs VLC intégré à la page. Le problème c'est le peu de fonctionnalités proposées par le plugin (gestion des sous-titres etc...). Mais tu peux copier le lien des fichiers pour les ouvrir avec le VLC installé sur ton PC pour pouvoir profiter de toutes les fonctions.
Plex quant à lui propose une vraie bibliothèque multimedia. Tu ajoutes les dossiers contenant tes fichiers vidéos et audio et il se charge d'aller chercher toutes les informations sur les médias (pochettes, résumées, etc...). En somme c'est un vrai média center.
De plus, avec Plex tu peux lire tes contenus sur absolument n'importe quel appareil grâce au transcodage qui adapte la qualité des vidéos en fonction du débit de ta connexion internet.
Petit plus qui m'a fait choisir Plex : la compatibilité parfaite avec la Chromecast qui permet de profiter de tout ce qui se situe sur ton serveur depuis la TV et géré depuis ton smartphone, c'est génial.
Donc tu vois ce ne sont pas les mêmes usages. Si tu cherches un truc simple => Cakebox.
Si tu cherches un truc très complet et très ouvert => Plex.