Parfait c'était ça, tout fonctionne ! Merci pour tout 

rm -R /home/user/synchro
Idem pour les fichiers de la page web.git clone -b alpha https://github.com/4r3/synchro-seedbox
nano /etc/nginx/sites-enabled/rutorrent.conf
Et ajouter ceci :
location ^~ /syncnas {
root /var/www;
include /etc/nginx/conf.d/php;
include /etc/nginx/conf.d/cache;
index index.html index.php;
}
Redémarrage nginx :
service nginx restart