Pour les 1 To qui font moins, c'est juste une arnaque markenting c'est normal, ça dépend de comment on compte les go (1000 ou 1024 etc...)
Pour les 5%, c'est une partie de ta partition qui est réservé au root par défaut, pour le faire sauter :
en root toujours:
tune2fs -m 0 /dev/md2
ensuite:
mount -o remount /home/ton_user
et
reboot
normalement ça doit être bon après tu dois récupérer +/- 44 Go (j' espère !

)
Ex.