Alors :
Ai-je une config particulière ? je pense pas, au niveau de rtorrent/rutorrent j'ai pas touché grand chose.
Il y a deux users de rtorrent sur ma box.
J'ai bien spécifié le bon home.
La commande utilisée :
$ rtorrent-cleaner report --url-xmlrpc=http://localhost:8888/RPC --home=/home/koko/torrents -v

EDIT : Alors pour info par exemple ça me donne ça comme output
missing file: /home/koko/torrents/Czarface - Every Hero Needs A Villain {CD-FLAC} (2015)/Folder.jpg
alors que le fichier est dans /home/koko/torrents/musique/

Du coup ouais le problème vient de la gestion des sous-dossers apparemment.

Tiens mon rtorrent.rc, mais je doute que ça vienne de là, tout tourne impeccable.

network.scgi.open_port = 127.0.0.1:5001
encoding.add = UTF-8
network.port_range.set = 45000-65000
network.port_random.set = no
pieces.hash.on_completion.set = no
directory.default.set = /home/koko/torrents
session.path.set = /home/koko/.session
protocol.encryption.set = allow_incoming, try_outgoing, enable_retry
schedule2 = wdir_music,11,5,"load.start=/home/koko/watch/music/*.torrent,d.directory.set=/home/koko/torrents/music/,d.custom1.set=music,d.custom3.set=/home/koko/torrents/music/,d.delete_tied="
schedule2 = untied_directory,5,5,"stop_untied=/home/koko/watch/*.torrent"
schedule2 = espace_disque_insuffisant,1,30,close_low_diskspace=500M
trackers.use_udp.set = yes
dht.mode.set = off
protocol.pex.set = no
throttle.min_peers.normal.set = 40
throttle.max_peers.normal.set = 100
throttle.min_peers.seed.set = 10
throttle.max_peers.seed.set = 50
throttle.max_uploads.set = 30
execute = {sh,-c,/usr/bin/php /var/www/rutorrent/php/initplugins.php koko &}

Bon bah excellent, ça marche impeccable...
J'ai cru à un nouveau bug tellement j'ai de trucs qui servent à rien mais non, cette fois-ci le ton script a raison ! Total recoverable space: 505.13 Go haha il était temps que je m'y mette
Le coup des missing files très bon aussi, ça m'a permis de capter que certains symlinks avaient sauté lors de ma dernière migration hative...
Bref merci à toi ça tue, et ça va plutôt vite en plus !

Magicalex

Alors chez moi ça a mis un peu moins de 7 minutes pour 4300+ torrents avec ton vhost nginx.
Pour la fonction rm par contre je vais mabstenir et faire ça manuellement, vu que y'a pas mal de trucs que je veux récup en local avant, et d'autres que je garde pour mon plex même sans seed. Et le --assume-yes du coup ça sera sans moi aussi.

Pour les missing files, moi la config report juste informative ça me va très bien. En l'occurence chez moi c'est certains torrents que j'avais rename en symlink pour pouvoir les crossseeder sur des trackers qui n'ont pas les mêmes normes. Les symlinks ont pété lors de ma dernière migration, j'ai juste à les remettre et c'est reparti.

Par contre un truc qui pourrait être cool, c'est de pouvoir spécifier un nom de fichier, genre unseeded.txt, dans lequel on retrouverait l'output de ton script plutôt que directement dans le shell. Parce que dans mon cas, y'avait tellement de unnecessary files que je dépasse la limite d'affichage de mon shell, et je peux pas remonter jusqu'au début.
Un autre truc qui pourrait être cool, qui s'applique uniquement aux boxs multi-users, ce serait une fonction qui permette de comparer mon dossier torrents avec celui de l'autre user de ma box. On a pas mal de goûts musicaux en commun, et du coup on a pas mal de doublons sur la box. Un truc qui supprime les fichiers de l'user2, et qui créée des symlinks ou hardlinks vers ceux de l'user principal ça pourrait être très cool. J'avais essayé de faire ça moi même à une époque, mais je maitrise pas assez et ça n'a jamais donné quelque chose de fonctionnel.

EDIT : A la limite un truc qui pourrait être bien aussi, c'est une fonction qui permettre de déplacer tous les unnecessary dans un dossier donné, histoire de tous les centraliser et de les virer des dossiers de seed, sans pour autant les supprimer

Magicalex
Alors pour mon histoire d'affichage d'output, j'avoue c'était pas clair, mais l'idée est très simple. Juste un truc genre

rtorrent-cleaner report --url-xmlrpc=http://localhost:8888/RPC --home=/home/koko/torrents --file=/home/koko/unseeded.txt -v

qui permettrait de mettre tout le résultat du script (la liste des unecessary et des missing files) dans le fichier unseeded.txt.

Pour ton rtorrent-cleaner mv --folder=/path/to/folder ouais je valide à fond!

Et pour mon truc de comparaison de dossiers de plusieurs users, c'est sûr que c'est assez spécifique, mais comme ça reste dans l'idée de nettoyage et optimisation de la place sur la box je me disais que c'était cohérent héhé