Plex peut déjà convertir tes vidéos : https://support.plex.tv/hc/en-us/articles/213095317-Creating-Optimized-Versions

Pour ajouter un user à un groupe : usermod
Pour modifier les droits d'un répertoire : chmod
Pour modifier le propriétaire d'un répertoire : chown

Je te laisse lire les pages man pour en connaître usage.

Par contre pour ajouter des login à rutorrent on rentre dans du balèze. Quelques pistes (faut comprendre l'anglais) :
https://github.com/Novik/ruTorrent/issues/136
https://code.google.com/archive/p/rutorrent/wikis/Config.wiki

Bonne chance.