Salut,
À priori, ça devrait être faisable avec ffmpeg avec une ligne de commande du genre :
ffmpeg -i MyMovie.mkv -vf scale=-1:720 -c:v libx264 -crf 18 -preset veryslow -c:a copy MyMovie_720p.mkv
Pour les paramètres, va falloir que tu regardes la documentation si tu veux améliorer la qualité ou réduire la taille.