Salut,
J'ai eu le même problème après une nouvelle install. Pour régler le problème, j'ai supprimé les lignes suivantes du fichier /etc/nginx/site-enabled/rutorrent.conf
location ~* \.(jpg|jpeg|gif|css|png|js|map|woff|woff2|ttf|svg|eot)$ {
expires 30d;
access_log off;
}
Après un restart de nginx, le reverse fonctionne parfaitement en HTTP et HTTPS, et aucun problème ensuite avec let's encrypt.