Avec Netdata je vois un motif régulier qui se dessine, un thread appelé et qui consomme pas mal. Je vois aussi que ce sont des processus system qui mange beaucoup.
Si tu as pas mal de processus qui tournent (nextcloud+rtorrent+munin+netdata+des scripts+du cron) ca peut monter très vite.
Par contre tu es toujours au dessus de 1 en load average, que ce soit en 1, 5 ou 15. Il faudrait essayer de voir ce qui consomme le plus.