Hello,
Ton user est chrooté après l'install du script d'Ex-rat : ça signifie que ce user n'est pas utilisable pour ouvrir une connexion ssh car c'est ton user utilisé sur le web, donc niveau sécurité, c'est pas cool d'utiliser le même pour ton ssh et tes connexions http htaccess.
Du coup, tu ouvres un putty sous root, et tu créé un nouveau user, qui lui sera ton user "system", celui que tu utilisera pour ouvrir un ssh et passer sous root si besoin. (donc différent de ton user rutorrent)
Et niveau sécurité, une fois que ton nouveau user system est créé et que tu as vérifié que tu peux bien ouvrir un ssh avec, tu édites ta config ssh et tu passes le permitroollogin à no, ce qui empêchera ton user root de pouvoir ouvrir un ssh (c'est mieux!)
Si tu comprends pas ce que j'ai écris, demandes des infos