Ta zone dns pour faire propre, c'est comme ça:
toto.com type A ip serveur
www.toto.com CNAME toto.com
owncloud.toto.com CNAME toto.com
Tu vois le truc ? ton nom de domaine tout seul tape sur l'ip et tout les sous domaine sont des "clones" on va dire, nginx fait le tri à l'arrivé en fonction des server_name qu'il voit passer pour envoyer ça où il faut derrière.
Ex.
edit: tu devrais laisser passer quelques heures pour que la propag dns ait le temps de ce faire, c'est peut-être ça le soucis (pas sur pour le coup mais bon...)