Si c'est ok ça:
listen 80 default_server;
listen 443 default_server ssl http2;
Son rutorrent.conf répond par défaut sur 80 et 443, jusqu'à là c'est normal.
Le duplicate doit venir d'un autre fichier de conf, il faudrait voir ce que tu as en /sites-enabled à par rutorrent.conf.
Tous les autres fichiers doivent être comme ça par contre :
listen 80;
listen 443 ssl http2;
Si tu n'as pas d'autre fichier, postes ton rutorrent.conf pour voir ce que tu as bricolé exactement.
Ex.