Salut,
De mon côté, j'utilise rutorrent et Owncloud mais l'utilisation est similaire.
Pour rutorrent, mes dossiers de téléchargement ont pour groupe et propriétaire www-data.
Pour Owncloud, j'ai créé des liens symboliques vers mes dossiers que je souhaite. J'ai inséré les liens symboliques à l'adresse suivante :
/home/www/monnomdedomaine/data/administrateur/files
Ps : Dans Owncloud, mon nom d'utilisateur, c'est administrateur. L'adresse d'installation peut être différente selon ou tu as décidé d'installer Owncloud.
Donc je te dirais que de mon côté, les liens symboliques, cela marche correctement