Merci pour ta réponse.
Après avoir effectué des recherches toute la nuit, il semblerait que le problème soit à présent résolu.
Hier soir, j'ai effectué une mise à jour de apache2.
The following packages will be REMOVED:
apache2-mpm-prefork libapache2-mod-php5
The following NEW packages will be installed:
apache2-mpm-itk libapache2-mod-php5filter
The following packages will be upgraded:
apache2 apache2.2-bin apache2.2-common
En regardant à droite et à gauche, j'ai remarqué que certains avaient un problème similaire :
https://github.com/owncloud/core/issues/8536
http://www.debian-tutorials.com/how-to-install-and-use-php5-fpm-with-apache2-on-debian
Et apparemment, il semblerait que cela soit l'installation de libapache2-mod-php5filter qui en soit la cause. (je ne sais pas pourquoi n'y à quoi cela sert)
Pour résoudre mon problème, j'ai :
Installer à nouveau libapache2-mod-php5
apt-get install libapache2-mod-php5
Rédémarrer le serveur apache
/etc/init.d/apache2 restart
Et tout refonctionne à nouveau.
Sacré mis à jour...