Ce que je fait toujours dans ce genre de situations, c'est d'évaluer la situation. Si tu sais que 125 paquets sont à mettre à jour tu as sûrement lancé :
apt-get update
Maintenant lance un :
aptitude upgrade -V
Avant de valider, vérifie que ces mises à jours te sembles correctes, des paquets seront-ils enlevés ? Si oui lesquels ? Vont-ils nuire au bon fonctionnement du serveur ?
Lorsque tu pense que c'est bon valide l'upgrade. En général les mises à jour sont prévues pour que tout se passe bien, à part si tu as compilé certains paquets depuis les sources.
Si tu ne veux pas mettre à jour un certain paquet tu peux le mettre en "hold" :
apt-mark hold <package>
