Bonjour,
N'hésite pas à regarder du côté de Seafile :
http://www.seafile.com/en/home/ (sa version communautaire évidemment)
Tout est chiffré, par défaut, et puis pour le reste, le site t'expliquera bien mieux que moi.
Sur Owncloud il suffit en effet d'activer un plugin pour tout chiffrer également. Personnellement j'ai ça, + connexion en https (donc pas en clair), et /home est lui-même chiffré avec bioctl (mais apparemment tu l'as déjà installé !).
Pour le virtualhost, t'utilises Apache ou nginx (ou autre) ?
