Un conseil au lieux d'éxecuté le script :
$output = shell_exec('sudo /etc/init.d/jeanluc-rtorrent restart &');
En root, ou de modifier les droits... etc ou faire du bricolage.
Pensez à cron, je m'explique (pour
Mediastorrent):
J'ai une tâche cron en root qui éxecute les demandes de reboot qui sont soumis par le serveur web :
*/1 * * * * /home/mediastorrent/Mediastorrent/script/cronroot.sh
Ce script lance un script php :
#!/bin/bash
php /home/mediastorrent/Mediastorrent/script/cronroot.php &>> /home/mediastorrent/Mediastorrent/log/cronroot.log
En gros ce script fait :
Il recherche en bd si il y a des choses à faire et si il y a des chose à faire. Il le fait

(Reboot rtorrent de tel user, Créer la seedbox pour cet utilisateur, Supprimer cette seedbox de cet user... pleins de chose)
Je trouve que cela est plus propre

Avec systemd, on peux directement rebooté :
systemctl reboot rt@$user.service