Je pense que ça vient des paramètres du module fastcgi, il ne suffit pas de reprendre la configuration de nginx et des vhosts, il faut aussi penser à la configuration de l'interface cgi via /etc/nginx/fastcgi_params. Il doit surement te manquer cette ligne :
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
