Bon j'ai du faire un boulette, j'ai viré le vieux thème et j'ai fait la MAJ et je n'ai plus accès à la seedbox.
J'ai trouvé la solution, pour ceux qui aurait le même problème il faut faire cette modification pour chaque user (modifier <user> par un nom d'user de votre seedbox) :
nano /var/www/seedbox-manager/conf/users/<user>/config.ini
chercher la ligne :
theme = "SpiritOfBonobo"
et remplacer par
theme = "spiritofbonobo"
quitter et enregistrer.
Vous recommencez pour les autres users.