linux fonctionne différemment de windows : on sépare les données.
sans parler de serveur, sur mon ordinateur j'ai 3 disques dur et 14 partitions en tout ....
tout dépend de comment tu veux configurer ta machine.
mais tu peux très bien rester comme cela, en sachant que les torrents sont sur un espace spécifique (la partition /data)
ton espace personnel, lui, est dans ton home qui se trouve sur la partition du système, ce n'est pas forcément problématique, tout dépend de ce que tu comptes faire sur ton serveur