Non il n'est pas nécessaire d'utiliser la commande update-rc.d à chaque fois qu'une modification (significative ou non) est apportée à un script se trouvant dans /etc/init.d
update-rc.d permet uniquement de créer (ou supprimer) les liens symboliques dans le répertoire /etc/rcN.d (N = RunLevel = N/S/0/1..6) pour démarrer les services à différents moments lors de l'initialisation (ou l'arrêt) du système. Pour déterminer les runlevels, update-rc.d se base toujours sur le header des scripts init.d
Plus d'info :
https://wiki.debian.org/RunLevel