Magic je pense que la procédure détaillée dans le tuto n'est pas la bonne :
git pull origin master
bower update --allow-root
Elle amène forcement à un merge conflict je pense. Sur le wiki, il est plutôt conseillé de switcher sur la dernière branche :
git fetch --tags
git checkout -b $(git describe --tags $(git rev-list --tags --max-count=1))
composer self-update
composer update
bower update --allow-root
Le soucis au départ vient peut-être de là.