Bonjour,
comme il s'agit d'une erreur 504, j'aurais bien une idée. Le PHP serait la cause. Le temps d'exécution serait bien trop long.
Par défaut, le PHP comporte des limites sur ce point. Ainsi, si cela s'avère fondé, une solution serait de configurer soit WordPress (cf ini_set()), soit PHP :
nano /etc/php5/fpm/php.ini
max_execution_time = 30