Pareil
Pire, je n'arrive plus à les config, en repartant de zero je n'arrive plus à les rattacher à mon compte plex... Bref ca sent le bug et j'attends une correction. Etrangement sur un autre serveur mes plex n'ont pas eu le pb.

apt-get upgrade
<VideoProfile container="mp4" codec="h264" audioCodec="aac" subtitleCodec="mov_text" context="static" />
que j'ai remplacé par :
<VideoProfile container="mp4" codec="h264" audioCodec="aac" subtitleCodec="webvtt" context="static" />
Et du coup, avec cette manipulation lors de la synchronisation vers un iDevice les sous titres seront à chaque fois incrustés.