Bonsoir,
la base, c'est de consulter la liste des processus actif :
ps -e | grep nginx
ps -e | <username>-rtorrent
ps -e | grep php5-fpm
Toutefois, il est également possible de savoir si Nginx, rTorrent et php5-fpm fonctionnent par ces commandes :
service <username>-rtorrent status
service nginx status
service php5-fpm status
Enfin, à condition que "status" soit reconnu. Certains services n'en dispose nativement... Si je ne m'abuse, celui de rTorrent est concerné (à confirmer). Dans ce cas, autant opter pour un autre paramètre : "restart" ou "start". En cas de problème, le service devrait l'indiquer.
Et puis, si ça se trouve, le problème serait juste une absence d'initialisation des services lors du démarrage (du serveur) ?
Pour le VPN, pas la moindre idée...
Autrement, oui il faudra consulter les fichiers log (de Nginx), comme l'a mentionné YoShiiro.