Comme le dit jede tu vas devoir faire un peu de configuration pour ton serveur.

/!\ Attention à changer les USER / username pour les faire corréler avec ta configuration, tu peux t'aider du fichier de configuration rutorrent.conf qui contient toutes ses informations.

1/ Dans un premier temps créer un fichier pour l'accès de base à ton serveur.

nano /etc/nginx/sites-enabled/base.conf

server {
        listen 80;
        listen 443;
        server_name <ton domaine> www.<ton domaine>;

        index index.html index.php;
        charset utf-8;
        client_max_body_size 10M;

        ssl_certificate /etc/nginx/ssl/server.crt;
        ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/server.key;

        access_log /var/log/nginx/<ton domaine>-access.log combined;
        error_log /var/log/nginx/<ton domaine>-error.log error;

        error_page 500 502 503 504 /50x.html;
        location = /50x.html { root /usr/share/nginx/html; }

        auth_basic "seedbox";
        auth_basic_user_file "/etc/nginx/passwd/rutorrent_passwd";

        location = /favicon.ico {
                access_log off;
                log_not_found off;
        }

        ## début config accueil serveur ##

        location ^~ / {
        root /var/www/base;
        include /etc/nginx/conf.d/php;
        include /etc/nginx/conf.d/cache;
        satisfy any;
        allow all;
        }

        ## fin config accueil serveur ##
}

2/ Créer un fichier de configuration pour rutorrent

nano /etc/nginx/sites-enabled/torrent.conf

server {
        listen 80;
        listen 443;
        server_name torrent.<ton domaine>;

        index index.html index.php;
        charset utf-8;
        client_max_body_size 10M;

        ssl_certificate /etc/nginx/ssl/server.crt;
        ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/server.key;

        access_log /var/log/nginx/rutorrent.<ton domaine>-access.log combined;
        error_log /var/log/nginx/rutorrent.<ton domaine>-error.log error;

        error_page 500 502 503 504 /50x.html;
        location = /50x.html { root /usr/share/nginx/html; }

        auth_basic "seedbox";
        auth_basic_user_file "/etc/nginx/passwd/rutorrent_passwd";

        location = /var/www/rutorrent/favicon.ico {
                access_log off;
                log_not_found off;
        }


        ## début config rutorrent ##

        location ^~ / {
        root /var/www/rutorrent;
        include /etc/nginx/conf.d/php;
        include /etc/nginx/conf.d/cache;

        location ~ /\.svn {
                deny all;
        }

        location ~ /\.ht {
                deny all;
        }
        }

        location ^~ /conf/ {
        deny all;
        }

        location ^~ /share/ {
        deny all;
        }

        ## fin config rutorrent ##

        ## user configuration
        location /USER {
            include scgi_params;
            scgi_pass 127.0.0.1:5001; #ou socket : unix:/home/username/.session/username.socket
            auth_basic "seedbox";
            auth_basic_user_file "/etc/nginx/passwd/rutorrent_passwd_user";
        }
}

3/ Créer un fichier de configuration pour ton manager

 nano /etc/nginx/sites-enabled/manager.conf

server {
        listen 80;
        listen 443;
        server_name manager.<ton domaine>;

        index index.html index.php;
        charset utf-8;
        client_max_body_size 10M;

        ssl_certificate /etc/nginx/ssl/server.crt;
        ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/server.key;

        access_log /var/log/nginx/manage.<ton domaine>r-access.log combined;
        error_log /var/log/nginx/manager.<ton domaine>-error.log error;

        error_page 500 502 503 504 /50x.html;
        location = /50x.html { root /usr/share/nginx/html; }

        auth_basic "seedbox";
        auth_basic_user_file "/etc/nginx/passwd/rutorrent_passwd";

        location = /var/www/rutorrent/favicon.ico {
                access_log off;
                log_not_found off;
        }


    ## début config seedbox-manager ##

    location ^~ / {
        root /var/www/seedbox-manager/public;
        include /etc/nginx/conf.d/php;
        include /etc/nginx/conf.d/cache;
    }

    ## fin config seedbox-manager ##

Ce qui devrait te permettre d'avoir accès via les adresses que tu veux à ton manager / rutorrent & ton manager.

Attention toute fois, tu vas devoir effectuer pas mal de modifications notamment dans les liens de ton manager, pour faire pointer non plus vers mondomaine/rutorrent & co, mais vers tes sous domaines, pareil tu vas devoir configurer des plugins de ton rutorrent comme fileshare & manager seedbox, car ceux-ci utilisaient des adresse ip ou des adresse dns non valide que tu vas devoir adapter à ta nouvelle conf. Pareil attention, suite à cela je te conseille de faire un déplacement de l'ancien fichier de configuration rutorrent.conf afin de le conserver si tu souhaites revenir en situation initiale. Voici la commande.

mv /etc/nginx/sites-enabled/rutorrent.conf /etc/nginx/sites-enabled/rutorrent.conf.old

PS: Un merci à Meister en partie avec qui on a bossé la dessus pour le faire tourner chez moi sur 2/3 trucs.

Edit : modification des logs sur les différentes parties et j'avais oublié la partie server & co pour le nom de domaine par défaut dans la conf de base.conf