Ahah je vois déjà Yoshiiro venir nous vanter les mérite des VMs
Effectivement les machines virtuelles peuvent être une solution. Tu clones ta VM et en cas de souci tu l'as remet à l'état d'origine.
Sinon c'est effectivement possible de faire ce que tu veux mais ça nécessitera d'avoir un autre serveur pour le back-up.
Les données qui sont dessus sont si importantes que ça ?
Perso la seule chose que je conserve c'est ma conf' nginx ainsi que le contenu de mon espace Web. Après c'est l'affaire d'une ou deux heures pour tout réinstaller même si les serveurs sont relativement fiables maintenant...
Une autre solution peut être le RAID.