Salut,
As tu résolu ton problème? Visiblement cette tâche cron supprime les session php (stocké sous forme de fichier texte) ce que tu peux faire c'est les désactiver dans un premier temps pour voir si ça vient de ça.
crontab -l -> pour lister les tâches cron
crontab -e -> pour les modifier
commente une ligne qui pourrai ressembler à ça :
[ -x /usr/lib/php5/maxlifetime ] && [ -d /var/lib/php5 ] && find /var/lib/php5/ -depth -mindepth 1 -maxdepth 1 -type f -ignore_readdir_race -cmin +$(/usr/lib/php5/maxlifetime) ! -execdir fuser -s {} 2>/dev/null \; -delete)