Place Ajaxplorer ou tu veux sur ta partition voulu et ensuite rajoute la ligne en gras dans le fichier .conf de lighttpd, Save et restart le seveur web.
server.document-root = "/var/www"
server.port = 80
alias.url = ( "/ajaxplorer" => "/home/USER/ajaxplorer/" )
ps: Indique aussi au dossier ajaxplorer le bon proprio avec les bons droits.