Après de la patience j'ai enfin réussi à faire ce que je souhaitais. Je rappelle que j'ai fait cela pour avoir de meilleur débit car en utilisant le download station du syno j'avais des débits très bas.
Placement dans le dossier tmp
cd /tmp
Récupération de filezilla
Extraction de l'archive
tar -jxvf FileZilla_3.5.3_x86_64-linux-gnu.tar.bz2
Ce placer dans le dossier de filezilla
cd /tmp/FileZilla3/bin
Installation de filezilla
aptitude install filezilla
Me rester plus qu'à bien configurer l'accès ftp de mon syno, avec une redirection de port pour plus de sécurité et une connection en SSL/TLS explicite
Du coup maintenant je peut envoyer des fichiers de mon serveur directement sur mon syno en ayant de bon débit de transfert.
Je précise que j'utilise vnc client pour avoir une interface graphique sur le serveur debian.