Tu peux faire tout ça par ssh.
Installer mkvmerge :
sudo apt-get install mkvtoolnix
Récupérer les infos nécessaires sur ton fichier :
mkvinfo TonFichier.mkv
Extraire des pistes données de ton mkv :
mkvextract tracks TonFichier.mkv 5😮utput5.rm
(5 représente le numéro de la piste, et output le fichier de sortie)
Pour muxer des pistes à l'intérieur du mkv je te laisse de référer au manuel de mkvmerge qui t'explique les différentes options :
man mkvmerge
(q pour quitter le man)
Edit : un exemple permettant d'ajouter une piste son dans un mkv existant :
mkvmerge -o tonFichierDeSortie.mkv tonFichierDentrée.mkv taPisteSon.rm