Bonjour,
Malheureusement ta question est bien trop large pour être répondue surtout que tu ne donnes aucune configuration de ton projet.
Pour le moment ce que je peux dire c'est oui portainer peut être configuré derrière traefik, oui il doit être possible de le configurer derrière deux domaines également.
Si tu nous donnes plus de détails et les points de blocages que tu rencontres nous pourrions t'aider.