Bonjour, n'ayant pas de vue de votre installation ça va être compliqué pour vous aider.
Selon moi il n'y avait "normalement" pas à toucher à la configuration de apache si la "nouvelle" version de roundcube avait été mis au même endroit que l'ancienne, avec les bons droits sur les fichiers/dossiers et avec les bons éléments de renseignés sur le fichier config.inc.php.
Maintenant difficile de confirmer ce que je viens de dire, peut être qu'une particularité propre à votre installation m'échappe.