J'ai réglé mon souci par hasard...
Si ça peut aider quelqu'un :
Je suis sur une shared box.
J'ai paramétré le chemin de dl dans autobrr en prenant celui indiqué par FileZilla : /home28/etc...
Rtorrent-cleaner regarde dans /home/etc...
donc forcément, il me trouvait des fichiers non rattachés à des torrents...